L'esistenza della villa è documentata sin dalla fine el Cinquecento; apparteneva a un ramo della famiglia Coquio, che possedeva un palazzo in Como e che utilizzava la villa di Cermenate come residenza di campagna. La villa appartenne alla famiglia Coquio fino al 1770 per poi passare nelle mani di Claudio Gaggi, con la clausola di assumere il cognome Coquio, in modo da continuare - almeno nominalmente - il ramo familiare. Nel 1836 la fam. Gaggi vendette il palazzo di Como eleggendo la villa di Cermenate a propria stabile dimora. Nel 1873 la proprietà passa nelle mani della fam. Moreschi (ancora oggi presente e residente), mediante il matrimonio di Luigia Gaggi con Nicola Moreschi (sindaco di Cermenate dal 1902 al 1905). Morti i genitori, subentrarono i figli, tra i quali Carlo Moreschi, esimio scienziato cui è dedicata la lapide posta in facciata sulla omonima via.
